Yeni yönetmeliğe göre, müracaat değerlendirme komisyonuna, Bakanlık Merkez Teşkilatı tarafından kurulan ilgili genel müdür yardımcısı başkanlık yapacak. İlgili daire başkanı ve bu daire başkanlığından en az bir su ürünleri veya balıkçılık teknolojisi mühendisi ya da ziraat fakültelerinin su ürünleri bölümü mezunu olan ziraat mühendisi olmak üzere iki teknik personel de görev alacak. Komisyon o ilin il müdürü veya ilgili il müdür yardımcısı ile ilgili şube müdürü ve bu şube müdürlüğünden bir su ürünleri veya balıkçılık teknolojisi mühendisi veya ziraat fakültelerinin su ürünleri bölümü mezunu olan ziraat mühendisinden oluşacak.

Su ürünleri üretim yeri ise yeni yönetmelikte “Su ürünlerinin doğal olarak ürediği, avcılığının yapıldığı veya yetiştirildiği, içinde veya üzerinde istihsal vasıtasının veya tesisinin kurulabildiği, kullanılabildiği su alanları” olarak belirlendi.
Su ürünleri yetiştiriciliği amacıyla yapılan müracaatların değerlendirilmesinde uygulanacak usul ve esaslar ise yeni yönetmelikle şöyle belirlendi:
“a) Su ürünleri yetiştiricilik tesisi kurmak isteyen müteşebbisler, ilgili il müdürlüğüne müracaat ederek Bakanlık Merkez Teşkilatından izin almak zorundadır.
b) Üretim yapılacak türe, su ürünleri üretim yerine veya su ürünleri yetiştiricilik bölgesine göre müracaat şartları, değerlendirme kriterleri ile Bakanlıkça yapılacak alan belirleme ve tahsis çalışmaları için yürütülen hizmetler kapsamında müteşebbis tarafından il müdürlüğü veya Merkez Döner Sermaye İşletmesi hesabına ödenecek müracaat dosyası bedeli ve yer tahsis ön izin belgesi bedeli için alınacak ücretler Bakanlık Merkez Teşkilatı tarafından belirlenir.
c) Su ürünleri yetiştiricilik bölgesi olarak belirlenen alan, Bakanlık Merkez Teşkilatı ve il müdürlüğü internet sayfasında ilan edilir. İl müdürlüğü, ilan edilen alana yapılan müracaatlara ilişkin istenen bilgi ve belgeleri (Ek-13) kontrol eder. Bilgi ve belgeleri eksik olan müracaatlar değerlendirmeye alınmaz. Uygun olan müracaatlar, Müracaat Değerlendirme Komisyonunda değerlendirilmek üzere Bakanlık Merkez Teşkilatına gönderilir.
ç) Bakanlık Merkez Teşkilatı, bu maddenin (c) bendi kapsamında gönderilen müracaatların değerlendirilmesi için Müracaat Değerlendirme Komisyonu kurar. Değerlendirme, bu komisyon tarafından yetiştiricilik yapılacak tür, kapasite ve alana göre, usul ve esasları Bakanlık Merkez Teşkilatınca belirlenecek değerlendirme yöntemi kapsamında, Müracaat Değerlendirme Kriterlerinin tamamı veya bir kısmı kullanılarak yapılır. Değerlendirme sonucu oluşan liste, Bakanlık Merkez Teşkilatı ve ilgili il müdürlüğü internet sayfasında beş iş günü süre ile ilan edilir ve listede ismi bulunanlar il müdürlüğünde yapılacak açık artırma usulü yarışmaya katılmaya hak kazanır. Bu süre içerisinde değerlendirmeye yapılan itiraz, üç iş günü içerisinde sonuçlandırılır. Açık artırma usulü yarışmaya ilişkin usul ve esaslar Bakanlık Merkez Teşkilatınca belirlenir. İl müdürlüğü, açık artırma usulü yarışma sonuçlarını Bakanlık Merkez Teşkilatına gönderir. Bakanlık Merkez Teşkilatı, bu sonuçlara göre yer tahsisi ve planlaması yaparak ön izin verir. O ilde kurulu, münhasıran su ürünleri alanında faaliyet gösteren kooperatif veya birliğin başvuru yapması durumunda ise Müracaat Değerlendirme Komisyonu tarafından tüzel kişiliğin üye sayısı, mali durumu, Sosyal Güvenlik Kurumuna ve vergi borcunun olup olmaması kriterlerine göre değerlendirilerek başka bir kişiye devredilmemek koşuluyla en fazla bir tüzel kişiliğe ön izin verilebilir.
d) Su ürünleri üretim yerlerinde, karada tesis kurmak üzere yapılacak yetiştiricilikte, yeni türlerde veya yeni yöntemle yapılacak yetiştiricilikte yapılan müracaatlar il müdürlüğünce Bakanlık Merkez Teşkilatına gönderilir. Bakanlık Merkez Teşkilatı, müracaatı Müracaat Değerlendirme Komisyonu kurarak değerlendirir ve uygun görülmesi halinde ön izin verebilir. Aynı su kaynağına veya aynı alana birden fazla müracaat olması halinde, Müracaat Değerlendirme Komisyonu tarafından Müracaat Değerlendirme Kriterlerine göre değerlendirme yapılır ve uygun görülenlere Bakanlık Merkez Teşkilatınca ön izin verilir. Müracaat yapılan türün ülkemiz sularında doğal olarak bulunmaması durumunda ise ayrıca, komisyon tarafından değerlendirilmek üzere Bakanlık Merkez Teşkilatı, masrafları müracaat sahibince karşılanmak üzere o türün yetiştiriciliğinin ekosisteme etkisinin belirlenmesi amacıyla rapor hazırlatır. Bu raporu, Bakanlığa bağlı Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü ile istilacı yabancı su ürünleri türleri alanında uzmanlığı bulunan akademisyenlerin görev yaptığı üniversitelerden talep eder.
e) Bu maddenin (d) bendi kapsamında su ürünleri yetiştiriciliği yapmak isteyen müteşebbisler, dilekçelerine, üzerinde tesisin kurulacağı yerin işaretlendiği 1/25.000 ölçekli saha haritasını da ekleyerek; yetiştiricilik tesisinin kurulacağı yerdeki il müdürlüğüne müracaat eder. İl müdürlüğünce on beş gün içerisinde oluşturulacak bir teknik ekip tarafından mahallinde inceleme yapılır. Yetiştiricilik tesisinde kullanılacak su kaynağından veya üretim sahalarından usulüne uygun olarak su numunesi alınır ve gerekli analizler müteşebbis tarafından yaptırılır. Bakanlık Merkez Teşkilatınca belirlenen su kalite kriterlerinin, su yüzey alanının, arazinin ve su derinliği, tesisler arası mesafe, yetiştiricilik teknikleri ve çevresel etkileri yetiştiricilik açısından uygun bulunması halinde, bütün iç su ve deniz tesisleri ile kuluçkahanesi bulunan iç su tesisleri için, Ön Etüd Raporu; kuluçkahaneli deniz ürünleri projeleri ile ilgili müracaatlarda ise (Ek-2)’ye ilave olarak, kuluçkahane için, ayrıca Kuluçkahane Ön Etüd Raporu düzenlenir. Müstakil bütün kuluçkahaneler için, sadece Kuluçkahane Ön Etüd Raporu düzenlenir. İl Müdürlüğünce, kurulması planlanan tesis ile ilgili olarak, tesisin yerinin, su kaynağının, varsa diğer tesislerin yol ve yerleşim durumunun ve bunlarla ilgili mesafelerin gösterildiği uydu görüntüsü çıktısı hazırlanarak ön etüt raporuna eklenir. İl müdürlüğü, ön izin için gerekli olan, müteşebbisin müracaat dilekçesi ile tesisin kurulacağı yerin işaretlendiği 1/25.000 ölçekli harita, su ürünleri yetiştiriciliği ön etüt raporu, su tahsis belgesi, su tahlil sonuç raporu, uydu görüntüsü çıktısı ve müteşebbis tarafından temin edilmesi gereken diğer belgelerle birlikte, uygun görüşünü de belirterek Bakanlık Merkez Teşkilatından ön izin talebinde bulunur. Ön izin talebi ile ilgili işlemler doksan gün içinde sonuçlandırılır.
f) İl müdürlüğünce, ön izin belgelerini temin etmesi için müteşebbise müracaat tarihinden itibaren sekiz ay süre verilir. Bu sürede gerekli belgelerin tamamlanmaması halinde, müteşebbisin müracaatı işlemden kaldırılır. Ancak, bu konuda mazeret beyan eden müteşebbisin gerekçeli talebinin uygun görülmesi halinde il müdürlüğünce gerekçeye uygun ek süre verilebilir.
g) Baraj ve göletlerde su ürünleri yetiştiriciliği için yapılan müracaat, o baraj ve gölet için yapılan ilk müracaat ise; Bakanlık Merkez Teşkilatı tarafından Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğünün görüşü alınır ve işlemler bu doğrultuda yürütülür”